Según la leyenda recogida por el inca Garcilaso de la vega Manco Cápac y Mama Ocllo migraron desde el Lago Titi Caca por consejo de su padre, el Dios sol. Lanzaron una jabalina de oro; allí donde se clavó fundaron un nuevo pueblo. El lugar elegido se llamó Cuzco:

Por datos arqueológicos y antropológicos se ha ido estudiando el verdadero proceso de la ocupación del Cuzco. El consenso apunta a que, debido al colapso del reino de Tiahuanaco se produjo la migración de su pueblo.17​ Este grupo de cerca de 500 hombres se habría establecido paulatinamente en el valle del río Huatanay, proceso que culminaría con la fundación del Cuzco a orillas del río Saphy. Se desconoce la fecha aproximada, pero gracias a vestigios se acuerda que el emplazamiento donde se ubica la ciudad ya se encontraba habitada hace 3000 años.